Cụ thể, các tiêu chí mới được đưa ra trong Thông tư 32 hướng dẫn thực hiện một số điều của Luật Quản lý thuế và các Nghị định liên quan đến hóa đơn, chứng từ. Theo đó, người nộp thuế sẽ bị xếp vào diện rủi ro cao nếu thuộc một trong những trường hợp sau:
Thứ nhất, người nộp thuế có chủ sở hữu, người đại diện theo pháp luật, đại diện hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh hoặc chủ doanh nghiệp tư nhân đồng thời là chủ sở hữu hoặc người đại diện theo pháp luật của một đơn vị khác đã bị cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền kết luận có hành vi gian lận, mua bán hóa đơn. Các thông tin này được đối chiếu từ cơ sở dữ liệu của cơ quan thuế.
Thứ hai, người nộp thuế có liên quan đến danh sách các đối tượng có giao dịch đáng ngờ theo quy định của Luật Phòng, chống rửa tiền. Cụ thể, nếu chủ sở hữu hoặc người đại diện pháp luật của doanh nghiệp thuộc danh sách này thì doanh nghiệp sẽ bị xếp vào diện rủi ro cao khi đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử.
Thứ ba, người nộp thuế đăng ký trụ sở chính không rõ ràng theo địa giới hành chính, đặt tại các chung cư không được phép sử dụng cho mục đích kinh doanh theo quy định của pháp luật, hoặc có địa điểm kinh doanh ngoài phạm vi cấp tỉnh/thành phố nơi đặt trụ sở chính hoặc chi nhánh. Các trường hợp này thường tiềm ẩn rủi ro trong kiểm soát hoạt động thực tế và tính minh bạch trong giao dịch.
Thứ tư, người nộp thuế có người đại diện pháp luật hoặc chủ sở hữu đồng thời là người đại diện hoặc chủ sở hữu của tổ chức nộp thuế đang ở trạng thái "ngừng hoạt động nhưng chưa hoàn tất thủ tục chấm dứt mã số thuế" hoặc "không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký". Bên cạnh đó, nếu có hành vi vi phạm liên quan đến thuế, hóa đơn, chứng từ theo hướng dẫn của Bộ trưởng Bộ Tài chính thì cũng được xác định là thuộc diện rủi ro cao.
Thứ năm, người nộp thuế có các dấu hiệu rủi ro khác do cơ quan thuế xác định trong quá trình quản lý. Trong các trường hợp này, cơ quan thuế sẽ có thông báo cụ thể để người nộp thuế biết và có quyền giải trình.

Đáng chú ý, khi phát hiện người nộp thuế có một trong các dấu hiệu nêu trên, dù đã xác thực đầy đủ thông tin trên hệ thống và đúng thời hạn, cơ quan thuế vẫn sẽ yêu cầu giải trình, bổ sung tài liệu. Thời hạn cơ quan thuế ra thông báo là 1 ngày làm việc kể từ khi tiếp nhận hồ sơ đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử. Sau đó, người nộp thuế có 2 ngày làm việc để thực hiện giải trình và cung cấp thêm thông tin theo yêu cầu.
Ngoài việc quy định 5 tiêu chí cụ thể, Bộ Tài chính cũng giao Cục Thuế chủ động xây dựng và áp dụng các chỉ số đánh giá nhằm nhận diện người nộp thuế thuộc diện rủi ro rất cao. Điều này nhằm đáp ứng yêu cầu quản lý thuế trong từng thời kỳ, đảm bảo tính chủ động và linh hoạt của cơ quan quản lý thuế trong việc phòng chống các hành vi gian lận ngày càng tinh vi.
Cũng trong tháng 6, cơ quan thuế sẽ triển khai các hoạt động hỗ trợ trực tiếp tại từng hộ kinh doanh để hướng dẫn chuyển đổi từ máy tính tiền sang áp dụng hóa đơn điện tử, đảm bảo các điều kiện kỹ thuật, pháp lý được đáp ứng đầy đủ. Việc áp dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế được xem là một bước tiến quan trọng trong quá trình hiện đại hóa hệ thống thuế, giúp tăng cường tính minh bạch, giảm thiểu gian lận và tạo thuận lợi cho người nộp thuế.
Thông tư 32 chính thức có hiệu lực từ ngày 1/6/2025. Các tổ chức, cá nhân có liên quan được khuyến cáo chủ động rà soát lại các điều kiện đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử, đồng thời đảm bảo thông tin kê khai trung thực, rõ ràng nhằm tránh bị xếp vào diện rủi ro và phát sinh các thủ tục giải trình phức tạp.